El Maratón de Boston se corrió por primera vez en abril de 1897, motivado por la vuelta del maratón como prueba en los Juegos Olímpicos de Atenas 1896. Es el maratón más antiguo que se celebra de forma continua.
El 19 de abril de 1897, la Boston Athletics Association organizó una maratón de 39,4 km, diez años después de su establecimiento como asociación. La carrera estaba planificada para el Patriots Day, como símbolo de la lucha por la libertad de los pueblos ateniense y estadounidense. Pronto se empezó a conocer la carrera como la maratón de Boston y se ha celebrado cada año desde entonces, convirtiéndose en el maratón anual más antiguo del mundo. En 1924, la línea de partida se trasladó de Metcalf's Mill en Ashland a Hopkinton Green, y el recorrido se extendió hasta los 42,195 km para ajustarlo a la longitud establecida por las Olimpiadas de 1908 y regulada por la IAAF.
No se permitió la participación de mujeres en el maratón de Boston hasta 1972. La organización reconoció a Roberta "Bobbi" Gibb como la primera mujer en completar la maratón de Boston en 1966. En 1967, Kathrine Switzer que se anotó como "K. V. Switzer", fue la primera mujer en correr y terminar la carrera con un dorsal. Consiguió terminar a pesar del conocido incidente en el que el oficial de carrera Jock Semple intentó arrancarle el dorsal y expulsarla de la carrera. En 1996 la B.A.A. reconoció como ganadoras, con carácter retroactivo, a las primeras corredoras no oficiales de entre 1966 y 1971. En 2015, cerca del 46 por ciento de los participantes fueron mujeres.
